Para unir imágenes desde la línea de comandos usemos la herramienta convert, convert forma parte de Image Magick, una suite que permite manipular imagenes de mapa de bits
Partamos de las siguientes imágenes
Baby GNU
Baby Tux
Para ponerla una al lado de la otra ejecutemos
$ convert +append baby_gnu.png baby_tux.png baby_gnu_baby_tux.png
Quedaría asi:
Para ponerla una encima de la otra ejecutemos
$ convert -append baby_gnu.png baby_tux.png baby_gnu_baby_tux.png
Quedaría asi: